Komik ini menceritakan seorang detektif SMA yang terkadang bekerja dengan polisi untuk memecahkan kasus tertentu bernama Shinichi Kudo. Selama penyelidikan, ia disergap dan dilumpuhkan oleh anggota sindikat kejahatan yang dikenal sebagai Organisasi Hitam. Dalam upaya untuk membunuh detektif muda itu, mereka menelan paksa obat percobaan yang berbahaya. Namun, obat tersebut mengubahnya menjadi anak-anak daripada membunuhnya. Mengadopsi nama samaran Conan Edogawa dan merahasiakan identitas aslinya, Kudo tinggal bersama teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif swasta. Sepanjang seri tersebut, ia ikut serta dalam kasus yang ditangani oleh Kogoro. Meskipun demikian, setelah Kudo berhasil memecahkan kasus tersebut, ia akan menggunakan jarum bius yang tersembunyi dalam peralatan Prof. Agasa untuk membius Kogoro dan kemudian menggunakan pengubah suara yang dapat menirukan suaranya untuk mengungkapkan pemecahan kasus. Ia juga bersekolah di sekolah dasar setempat di mana ia berteman dengan beberapa teman sekelas yang membentuk Grup Detektif Cilik.

Komik ini memiliki beberapa seri, pada seri ke-100 menceritakan Yusaku dan Yukiko Kudo yang berpura-pura mengalami keracunan makanan agar dapat memancing keluar anggota Organisasi Baju Hitam. Mereka berdua menyusun sebuah rencana dengan FBI agar dapat mengelabui Organisasi Baju Hitam. Suatu ketika terdapat seseorang yang muncul dan mengaku sebagai Yukasu. Ia mengatakan jika kedatangannya untuk membantu karena Yukasi berhasil membersihkan nama Kid dalam kasus penipuan Museum. Akan tetapi Conan salah mengira dan menemukan fakta mengejutkan bahwa Yumekawa adalah pelaku pembunuhan di ruang tertutup.

Pada kasus lain Conan menemukan seorang ID agen yang tewas dan melihat kode aneh pada ponsel agen tersebut. Melihat hal itu Conan segera mencoba memecahkan kode dan menjelaskan metode yang dilakukannya untuk memecahkan kode tersebut. Agar berhasil menangkap Organisasi Baju Hitam, Camel menyarankan untuk membuat kode lagi dan Jodie membuat kodenya sendiri. Selain itu Camel dan Mark berencana untuk pergi memancing Organisasi Baju Hitam namun sepertinya Organisasi Baju Hitam sudah bergerak agar bisa mendapatkan kode tersebut.
Sinopsis
Organisasi baju hitam lah yang berada di balik penemuan secara beruntun mayat tanpa identitas! Musuh kali ini terdiri dari Gin, Vodka, Chianti, Korn, Vermouth, Kir, dan Rum. Kecerdasan dan kecerdikan yang tiada duanya akhirnya membawa secercah sinar terang. Bagaimanakah akhir kisah dari komik Detektif Conan 100 ini?